『SHUFFLE！』时代经过一段的光阴流逝。
照顾虽说是美少女却多少有些废柴（ポンコツ）的姐姐而遭到周围女学生们另眼相看的主人公「相生頼斗」。
据说听闻的传言，世界曾经一度经历过差点崩坏的危机，宛如将那份过去忘却般，平和的日常正在不断继续。
神族、魔族等异世界文化的交流不断进行，那样理所当然的世界取回无聊的每一天。 如此无趣的日常被认为会持续下去。 然而，神界与魔界的公主突然出现。
「我是为了与人类进行诀别才来到此处」 「请将您的命交出」
继承前作某种程度上面的展开，主人公皆是美少女们瞄准的存在。 可是，那其实（果然？）是女主角们的恋爱之心所导致。 透过时间缓缓看见她们内心隐藏的事物。
以某日为分界，主人公被莫名称为「被神与魔所盯上的男人」。 他是否能够将一如既往的无聊日常取回？ 主人公与女主角们的崭新夏天开始。
无趣的日常，Once more！
