NEUE（ノイエ）の銀河を席巻したアームズ・アライアンスとの戦いはUPWとNEUE連合の勝利に終結した。しかし、戦いの中で遥かに強大な技術力を保有する未知の文明「ウィル」の存在が明らかになり、各国の緊張は高まっていった。
アームズ・アライアンスの戦いから3か月後、ウィルとの戦いにより戦死したロゼルを見舞うためにカズヤは最愛の者と彼の墓の前に来ていた。そこで彼の形見であったロケットをカズヤは受け取る。そんななか、カズヤたちルーンエンジェル隊はEDEN解放5周年記念の式典に召喚され、EDENに呼び出される。
EDEN解放5周年記念式典において旧エルシオールのメンバーはかつての制服を手に取り出席。式典において英雄タクト・マイヤーズは目まぐるしく激動する情勢において国際協力を訴え、EDENとかつての敵であったヴァル・ファスクとの友好を宣言する。
だが、式典の最終日にノアからウィルが出現する反応を感知したと言う知らせを受け、式典を中断し戦いに向かうことになり、謎の超文明ウィルと世界の命運を左右する最後の戦いが始まる。
